Khi Ferrante qua đời vào năm 1494, Charles VIII của Pháp xâm chiếm nước Ý, sử dụng như là một cái cớ mà Angevin tuyên bố lên ngôi Napoli, mà cha ông đã thừa kế về cái chết của cháu trai của vua René năm 1481. Chiến tranh nước Ý bắt đầu.

Charles VIII trục xuất Alfonso II của Napoli vào năm 1495, nhưng đã sớm bị buộc phải rút lui do sự hỗ trợ của Ferdinand II của Aragon cho anh em họ của mình, con trai của Alfonso II Ferrantino. Ferrantino được khôi phục lại ngôi vua, nhưng qua đời vào năm 1496, và được kế nhiệm bởi chú của ông, Frederick IV. Người kế nhiệm Charles VIII, Louis XII đã nhắc lại lời tuyên bố của Pháp. Năm 1501, ông chiếm đóng Naples và chia vương quốc với Ferdinand của Aragon, người đã bỏ rơi anh em họ của ông vua Frederick. Tuy nhiên, thỏa thuận sớm vượt qua, Aragon và Pháp tiếp tục cuộc chiến tranh giành vương quốc, cuối cùng dẫn đến chiến thắng của Aragon để Ferdinand kiểm soát vương quốc vào năm 1504.

Quân đội Tây Ban Nha chiếm Calabria và Apulia do Gonzalo Fernandez de Cordova dẫn đầu đã không tôn trọng thỏa thuận mới này, và trục xuất tất cả người Pháp khỏi khu vực này. Các hiệp định hòa bình tiếp tục không bao giờ dứt khoát, nhưng ít nhất họ cũng thành lập được danh hiệu vua Naples được dành cho cháu của Ferdinand, tương lai Charles V, Hoàng đế La Mã. Ferdinand vẫn tiếp tục chiếm giữ vương quốc, được coi là người thừa kế hợp pháp của chú Alfonso I của Napoli và cũng là Vương quốc Sicily (Regnum Utriusque Siciliae).

Nước này tiếp tục là trọng tâm của cuộc tranh chấp giữa Pháp và Tây Ban Nha trong vài thập kỷ tới, nhưng những nỗ lực của Pháp để giành quyền kiểm soát nó đã trở thành feebler như những thập niên tiếp tục, và không bao giờ thực sự nguy hiểm cho sự kiểm soát của Tây Ban Nha.

Người Pháp cuối cùng đã từ bỏ các tuyên bố của họ với Naples theo Hiệp ước Cateau-Cambrésis năm 1559.

Trong Hiệp ước London (1557), năm thành phố trên bờ biển Tuscany được chỉ định là Stato dei Presidi (Tiểu bang Presidi) và một phần của Vương quốc Naples.